W leczeniu choroby Mortona podejmuje się najpierw leczenie zachowawcze, które polega na rehabilitacji, której zadaniem jest przywrócenie ruchomości przodostopia oraz na wykonaniu specjalnych wkładek ortopedycznych, dopasowanych osobno do każdej ze stóp pacjenta. Zrobienie wkładek poprzedza precyzyjne badanie komputerowe stóp, w którym analizuje się naciski stóp na podłoże zarówno w pozycji stojącej, jak i podczas chodu. Tylko na tej podstawie można wykonać idealnie dopasowane wkładki ortopedyczne, które spowodują odpowiednie rozłożenie nacisków stóp na podłoże. Ważnym elementem leczenia jest również wyeliminowanie czynników generujących dolegliwości, a więc zaprzestanie chodzenia w niewygodnym obuwiu na obcasie, które obciąża śródstopie i uciska przodostopie.
W następnej kolejności, gdy dolegliwości bólowe się nie zmniejszyły stosuje się tzw. blokadę, czyli iniekcję leku sterydowego w miejsce stanu zapalnego. Często jednak wyżej wspomniane działania nie odnoszą zamierzonych skutków i konieczna jest interwencja chirurgiczna. Operacja polega na wycięciu tkanek, które wywołują ucisk, albo na wycięciu całego nerwu. Zazwyczaj po takim zabiegu rehabilitacja jest szybka, a efekty utrzymują się przez długi czas. Niestety choroba Mortona może nawracać. Wówczas rozważa się ponowne przeprowadzenie zabiegu lub rozpisuje się intensywną rehabilitację, która ma na celu rozluźnienie tkanek w okolicy śródstopia.